En el área del río Manatí, en el lugar que los taínos llamaban Manatuabón es donde comenzó la colonización de Puerto Rico. Manatí fue la primera capital por cerca de un mes. EL nombre Mantií viene porque exisitía una gran cantitdad de manatíes en el área.

Manatí fue fundada oficialmente en el año 1738, siendo el noveno pueblo en recibir la bendición de la corona española, por don Diego Menéndez de Valdés. Este era descendiente del caballero asturiano Diego Mnéndez de Valdés. quien había sido alcalde del Morro desde 1579.

A mediados del siglo 17, la familia de lso Menéndez de Valdés se trasladó de  San Juan a Manatí  donde  fundó la ermita de San Matías y la Candelaria.

Datos históricos demuestran que don Juan Ponce de León en 1508, mientras exploraba la costa norte en busca de una sede, se estableció por un mes en la desembocadura de un río que los nativos llamaban "Ana". Allí desembarcó y construyó bohíos y caminos con la intención de establecerse.

La fuerza de las playas y sus marejadas convencieron a Ponce de León, de la no conveniencia del puerto de Manatí. Si no fuera por este hecho, es muy probable que hoy en lugar de celebrarse la fundación de San Juan, se celebraría la fundación de Manatí, como la capital de Puerto Rico.

Se han identificado por los cronistas de la conquista y la colonización, cuatro nombres para Manatí; Ana, Manatuabón, Guayaney, y Manatí.
Manatí fue declarado zona histórica en 1986 y 1989 se declaró cudad metropolitana.

A partir de julio 1994. Manatí pasó a ser la ciudad Metropolitana por su progreso económico e industrial.

Para el año 1778, en el área este del caño Los Tubos, se construyó la casa constitucional de España, mejor conocida como "La Casa de Las Leyes", también conocida como" La Casa de las Tejas", la cual fue utilizada por las tropas españolas.

Debido al poco espacio del albergue, se tomó la desición de construir la Aduana. Para esta aduana se importaba en galeones españoles y mallorquines productos que no se hacían en la isla, por ejemplo arroz, gas y manteca. También eran traídos a través de la aduana tropas y armamentos, los cuales fueron utilizados en la Guerra Hispanoamericana. Por otro lado las exportaciones fueron café, tabaco, cáscara de mangle, la cual se usaba para producción de tintes.

A principios de los 1900, luego de la guerra, los españoles hicieron entrega a los Estados Unidos de todos los terrenos que cubren el  área de los tubos. En 1910, Estado Unidos vendió los terrenos a terratenientes privados siendo uno de los terratenientes el señor Venero que compró la casa de la Aduana con 127 cuerdas de terreno. Estos terrenos fueron administrados durante 30 años por el señor Anotonio Soto.

En 1907, el área de los Tubos fue dedicada a la importación y exportación de víveres en barcos de vela. Desde 1907 en adelante, los terrenos del sector fueron utilizados para la siembra y la cosecha de frutos menores y crianza de ganado. Los terrenos fueron pasando por diferentes propietarios.

En 1912, se construyó un desague para la Laguna Tortuguero, área inundable, el cual desemboca en la aduana, terminado con un sistema de tubo corrugado para evitar la erosión del terreno. De  ahí, el nombre de Los Tubos. Para la nueva generación, el nombre de los Tubos es dado por el tipo de oleaje en forma de tubo que hace la ola al acercase  a los arrecífes.